داستان فیلم گودزیلا منفی صفر (Godzilla Minus Zero) در سال ۱۹۴۹ و دو سال پس از اتفاقات فیلم قبلی یعنی گودزیلا منفی یک روایت می‌شود؛ زمانی که ژاپن همچنان درگیر پیامدهای جنگ جهانی دوم است. بازگشت گودزیلا در چنین شرایطی بار دیگر آرامش شکننده مردم را برهم می‌زند و این بار مقابله با او احتمالا دشوارتر از گذشته خواهد بود.

در این دنباله، تعدادی از شخصیت‌های فیلم قبلی نیز بازمی‌گردند؛ از جمله نوریکو اوشی، کنجی نودا، شیرو میزوشیما و چند شخصیت دیگر که زندگی‌شان بار دیگر تحت تأثیر ظهور گودزیلا قرار می‌گیرد. همچنین احتمال دارد که تهدید دیگری در داستان وجود داشته باشد که ابعاد ماجرا را گسترده‌تر و خطرناک‌تر کند.