در دومین قسمت از سه‌گانه ماتریکس، نئو به همراه مورفئوس و ترینیتی به نبرد خود علیه ماشین‌ها ادامه می‌دهند، در حالی که شهر زیرزمینی و آخرین سنگر انسان‌ها، یعنی زایون، برای یک حمله قریب‌الوقوع توسط ارتش نگهبانان ماشین‌ها آماده می‌شود. نئو که اکنون به طور کامل به عنوان The One شناخته می‌شود، باید به دنبال چیزی بگردد تا راهی برای رسیدن به منبع ماتریکس و پایان دادن به جنگ پیدا کند، اما در این مسیر با برنامه‌های سرکش مانند مروینجیان و تکثیر شدن خطرناک مامور اسمیت مواجه می‌شود.